Desde finales de septiembre de 1815, las tropas de José María Morelos custodiaban al Congreso en su continuo peregrinaje para no caer prisionero de los realistas. Morelos y congresistas llegaron a Tehuacán, luego de una marcha de varias jornadas. Los realistas comenzaron a cerrar el cerco, por los cuatro rumbos de la geografía de la guerra. El 5 de noviembre Morelos presentó combate en Tesmalaca; los insurgentes fueron derrotados y apresados: casi treinta independentistas fueron fusilados, mientras que Morelos fue llevado rumbo a la ciudad de México y encerrado en la cárcel de la Inquisición.

El 22 de noviembre comenzó la causa en su contra; al día siguiente, el arzobispo de México y los obispos de Oaxaca y Durango sentenciaron a la privación de todo beneficio, la degradación eclesiástica y su entrega a las autoridades civiles, quienes lo interrogaron en la Ciudadela buscando que sus seguidores se indultaran para salvarle la vida.

El 22 de diciembre fue conducido a San Cristóbal Ecatepec, donde fue fusilado.

Carlos María de Bustamante, compañero insurgente y difusor de las ideas independentistas, escribió que Morelos esperó la ejecución serenamente. Luego de comer fumó un puro, como tenía costumbre. Sonaron los tambores “vio desfilar la tropa y dijo 'esta llamada es para formar; si la tropa aguarda, no mortifiquemos más'”.