José María Morelos no debió de ser muy distinto a otros hombres de pueblo al llegar a la mitad de sus vidas. Se ordenó como sacerdote hasta los 32 años, pero su constitución física debió reflejar las huellas de sus oficios anteriores. Como la mayor parte de la población novohispana pobre, debió tener los rasgos particulares que lo acompañaron a lo largo de su vida: cicatrices, infecciones, fracturas y malformaciones, parásitos y enfermedades pulmonares e intestinales.

Morelos fue un hombre fornido, de espalda ancha, de aproximadamente 1.65 metros de estatura. Cuentan las crónicas que tenía frecuentes migrañas que él mismo achacaba a las dos o tres caídas de las monturas; y cólicos que lo postraban, efecto de los ayunos y los afanes de la guerra. Se descubrieron también las evidencias de un molesto y largo padecimiento dental, con afecciones bacterianas que le causarían caries y dolores de cabeza, y muy posiblemente también los dolores de vientre.

Las migrañas fueron el origen de un rasgo personal y de la representación iconográfica. El pañuelo o el paliacate en la cabeza, que le cubría el cráneo con un nudo en la nuca, ha sido el signo de distinción tan poderoso que lo repitieron, a manera de homenaje, los chinacos republicanos cincuenta años después de la muerte de Morelos. No hay retrato o efigie que no haga mención del pañuelo en la cabeza.