El 3 de julio de 1811 se dictaminó que Hidalgo debía morir. La Inquisición lo degradó de su carácter sacerdotal. Al amanecer del 30 de julio fusilaron al cura de Dolores, caudillo de la rebelión insurgente.
El cadáver fue expuesto públicamente. Al oscurecer se le cortó la cabeza, que fue enviada para su exposición pública en la Alhóndiga de Granaditas en Guanajuato junto con las de Allende, Aldama y Jiménez (enterraron su cuerpo en la iglesia de San Francisco).
Retiraron las cabezas en marzo de 1821. En septiembre de 1823, cabezas y cuerpos de los primeros insurgentes, y los de otros caudillos rebeldes independentistas, fueron llevados a la Catedral Metropolitana de la Ciudad. Finalmente, en 1925 fueron trasladados a la Columna de la Independencia, donde reposan actualmente.